Une nouvelle façon de calibrer l'horloge post-mortem ?

L'équipe d'étude des universités de l'État d'Alabama et de l'État de Washington a utilisé deux modèles animaux pour vérifier son hypothèse. Le poisson zèbre et la souris ont été utilisés. En détruisant leurs sujets dans des conditions contrôlées à différents moments, ils ont cherché à découvrir si le taux de régulation des gènes était en corrélation avec le moment de la mort.

Ce n'est pas la première fois que le matériel génétique est examiné pour déterminer si la PMI peut être calculée. Des études antérieures ont utilisé la dégradation de l'ARN messager (ARNm) pour élucider le moment de la mort. Cependant, la mesure du taux de dégradation d'un ARNm particulier présente deux inconvénients majeurs qui introduisent des biais et des imprécisions : premièrement, la réaction en chaîne de la polymérase est nécessaire pour amplifier la quantité d'ARNm présente et, deuxièmement, pour comparer les échantillons, les données doivent être normalisées par rapport à un échantillon de contrôle.

Pour éliminer les imprécisions associées à la mesure de la dégradation de l'ARNm, l'équipe a mis au point un "compteur de gènes" en 2011. Le compteur de gènes détermine avec précision l'abondance d'un gène particulier dans un échantillon biologique donné (sans amplification) et élimine également l'erreur créée par le "bruit" observé avec les micro-réseaux d'ADN conventionnels. Le compteur de gènes doit être étalonné de la même manière qu'un pH-mètre avec des tampons, ce qui signifie qu'il n'est pas nécessaire de normaliser les sondes étalonnées pour comparer les échantillons et que la nature non linéaire du signal des microréseaux est prise en compte.

En utilisant l'approche du compteur de gènes, l'équipe a découvert que 548 gènes de poisson zèbre et 515 gènes de souris n'étaient pas régulés de manière significative après la mort. La majorité des gènes non régulés se trouvaient dans le cerveau. Le temps pendant lequel ces gènes n'étaient pas régulés après la mort variait considérablement, certains gènes atteignant un pic 48 heures après la mort. L'équipe a réussi à démontrer qu'en utilisant les gènes identifiés dans le foie du poisson zèbre et des souris, il était possible de prédire l'heure de la mort. Les analyses des gènes du cerveau n'ont pas montré de corrélation avec l'heure de la mort.

Les résultats de cette étude sont intéressants et intrigants. De futures études utilisant des cadavres humains pourraient permettre de mettre au point une PMI pour déterminer la qualité des organes proposés à la transplantation. La méthode du compteur de gènes minimise intrinsèquement les imprécisions liées à l'utilisation du matériel génétique pour prédire la PMI.

Référence(s)

1. Prédictions précises de l'intervalle post-mortem à l'aide d'analyses de régression linéaire des données d'expression des compteurs de gènes M Colby Hunter, Alexander Pozhitkov, Peter Anthony Noble bioRxiv 058370 ; doi : http://dx.doi.org/10.1101/058370